百済聖王7年(西历529年)阿度和尙在仙巖寺毘盧庵地创建仙巖寺后，此寺庙名为海川寺，并寺庙的后坐山名为淸凉山。
后来道詵國師在伽藍位置重建寺庙后建立 1铁佛、2宝塔、3浮屠。

目前还存在 1铁佛、2宝塔、3浮屠。
后来大覺國師義天又重建而成为太古宗湖南地区的中心寺庙。

根据大覺國師重建图记，大覺國師的重建时仙巖寺的规模变为13堂、12殿、26舍、19庵。但直到高丽时代没有记录，可是金克己所记录的内容来看，可推测为此寺时比较安宁的修行寺庙。

朝鲜前期的纪录是中宗35年(1540年)重修一柱門的纪录是唯一的。
仙巖寺也是与其他寺庙一起在丁酉再亂时受严重的破坏，后来一直没有维修，直到 1660年敬俊、敬岑、文正禅师开始重建。 他们在的８年期间重修的比较多，可是没有达到曾经繁荣的水平。

结束重建事业的和尚是護巖若休和尚。護巖和尚建造昇仙橋、圓通殿、佛祖殿等建筑物。然而仙巖寺的规模变为 8堂、12殿、16舍、13庵，其中有善積庵、道詵庵等小寺庙。

英祖35年(1759年)春仙巖寺又遭到火災而受到大规模的破坏，后来霜月璽封和西岳和尚从1760年开始展开重建事业た。

此重建事业是阿道和尙以来继承道宣-義天-景岑-慶俊-文正-湖巖的第五次重建事业。
霜月璽封和尚不仅进行重建事业，又展开两次華嚴大法会，此时参加法会的 1287名的名单通过海珠錄还流传到现在。
还有霜月和尚为了预防火灾的木把寺庙的名称改为海川寺，并寺庙的后坐山改名为淸凉山。

正祖13年(1789年)正祖王没有后代而担心，因此訥庵和尚和海鵬和尚在仙巖寺进行100日祈祷后1790年诞生了純祖，后来純祖得知消息后给仙巖寺下賜人天大福田扁額、銀香炉、双龍門袈裟、金屛風、 等奖品。
純祖22年(1798年)由僧中文音出名的海鵬展翎重建七殿。

純祖23年(1823年)3月30日失火而消失本堂等几栋建筑物，后来海鵬・訥庵・益宗等和尚开始第次6重創事业而形成現在伽藍的規模。
朝鮮時代末期培养出可代表湖南地区佛教的涵溟太先-景鵬益運-擎雲元奇-錦峯基林等4名和尚。
1919年制定本末寺法时被指定为全国30所本山当中全南4本山之中一，因此管理順天、麗水、光州地区的寺庙。

現在仙巖寺是太古宗派唯一的太古叢林，在仙巖寺的講院和禪院里很多和尚们进行修行，仙巖寺是総合修行的场合。